Les actions civilo-militaires pouvaient avoir des effets pervers. Par exemple, au Tchad, les personnes déplacées qui sont installées dans des camps bénéficient d'une sécurité, d'un accès à l'eau, à la nourriture, à l'éducation, dont ne jouit pas le reste de la population. Aujourd'hui, la situation s'est stabilisée au Darfour mais les populations viennent s'installer de manière durable dans les camps.
En Afghanistan, les États-Unis déversent des flux financiers importants à certains endroits, ce qui déstabilise la société afghane traditionnelle.
Certaines ONG souhaitent que ce qui relève du domaine militaire soit clairement séparé de ce qui relève du domaine civil. Il existe trois phases distinctes dans le temps. La première relève du militaire. La seconde voit se conjuguer actions civiles et militaires. La troisième correspond à la sortie de crise, au cours de laquelle des aides à la reconstruction de l'État sont apportées. Chacun trouve sa place dans cette évolution, mais à des moments différents. Certaines ONG participent à la deuxième et à la troisième phase, d'autres uniquement à la troisième. Mais, même chez celles-ci, on constate un grand respect pour les actions que mènent les militaires. L'opposition entre ces deux mondes n'est pas aussi forte que ce que l'on aurait pu imaginer.