Il y a toujours eu des différences, mais elles sont devenues plus frappantes au cours des trois ou quatre dernières années.
La première raison est que le principe de non-remplacement d'un départ à la retraite sur deux n'a pas été appliqué de la même façon dans l'enseignement scolaire et dans l'enseignement supérieur. Dans le premier cas, la règle a été appliquée de façon continue et très ferme. Le ministère de l'Enseignement supérieur et de la recherche a bénéficié, en revanche, d'une exonération presque complète de ces suppressions d'emplois du fait de la priorité budgétaire accordée à ses programmes.
Une seconde différence est liée à l'application de la loi relative aux libertés et responsabilités des universités, dite « loi LRU », qui a eu de nombreuses incidences en matière de budgétisation et de pilotage de la masse salariale. Il en a résulté un transfert massif de crédits et d'emplois vers les budgets des universités depuis 2009. Le transfert des crédits de personnel du titre 2 au titre 3, relatif aux dépenses de fonctionnement, représente ainsi plus de 7 milliards d'euros en 2011.