L'autonomie est sans conteste un levier d'action des établissements d'enseignement supérieur et de recherche. Elle ne se confond pas néanmoins avec l'indépendance, puisqu'ils sont aussi des opérateurs publics concourant à la mise en oeuvre de politiques définies par le ministère. Ce dernier demeure donc garant de l'articulation de leurs actions avec le niveau national.