Les articles publiés par certains chercheurs après l'adoption du texte en première lecture ont relancé la polémique sur la recherche sur l'embryon et les cellules souches embryonnaires.
Il convient de rappeler qu'aucune des deux conditions prévues dans la loi de 2004 pour obtenir une dérogation à l'interdiction de recherche, à savoir des progrès thérapeutiques majeurs et l'absence de méthode alternative d'efficacité comparable, n'a été remplie. Le monde scientifique reconnaît que la recherche sur l'embryon n'a pas franchi le stade de la recherche clinique ; par ailleurs, il existe des perspectives d'applications thérapeutiques avec les cellules souches adultes, celles issues du cordon ombilical, et, pour la recherche pharmaceutique, avec les cellules souches pluripotentes induites. L'amendement AS 29 tend donc, dans le droit-fil de la loi de 2004, à interdire toute recherche en la matière.
L'amendement AS 30 vise quant à lui à rétablir la version adoptée en première lecture, en réaffirmant le principe de l'interdiction, tout en prévoyant la possibilité d'obtenir des dérogations.