Le Jura entretient avec la Suisse des liens très étroits. En conséquence, le texte prévoit les mêmes procédures de certification unique entre l'Union européenne et la Confédération helvétique. Aujourd'hui, l'entreprise Lyria, dont 75 % des capitaux appartiennent à la SNCF et 25 % à CFF, régit la totalité des transports ferroviaires entre Paris et la Suisse.