Pour la définition des niveaux d'échelle, nous tenons compte de ce qui existe sur l'ensemble du territoire français. Il se peut, par exemple, qu'aucune note A+ ne soit attribuée au cours d'une vague d'évaluations. Par ailleurs, les experts qui réalisent les évaluations des universités parisiennes sont provinciaux ou étrangers : on ne peut pas les soupçonner de favoriser les universités de la capitale. Les experts n'évaluent jamais des entités de leur région.
Certaines universités de province sont jugées très performantes : à Grenoble en sciences et technologies ou à Toulouse en économie, par exemple. Il est vrai que les universités parisiennes demeurent en tête dans le domaine des SHS. 7 500 chercheurs A+, c'est-à-dire exerçant leur activité au sein d'unités notées A+, sont localisés en région parisienne, 4 000 en Rhône-Alpes et 1 700 à Toulouse. La performance des chercheurs franciliens s'explique aussi par un effet « volume », car le nombre de chercheurs y est très important.
Concernant les recours possibles, il faut souligner, d'une part, qu'à l'issue d'une évaluation, le directeur de l'entité évaluée nous fait parvenir ses observations qui sont intégrées au rapport. D'autre part, il existe une commission des conflits, issue du conseil de l'AERES, qui examine les plaintes formulées. Sur un total de 33 plaintes, 3 évaluations ont été refaites soit en raison d'un conflit d'intérêts, soit, dans un cas, parce qu'un expert avait présenté un faux curriculum vitae.
Enfin, concernant la langue employée au cours de l'évaluation, presque la moitié de notre vivier d'experts étrangers est francophone. Très peu d'experts anglophones sont sollicités dans le domaine des SHS. C'est essentiellement dans le domaine des sciences de la vie, où les chercheurs sont habitués à s'exprimer en anglais, que nous employons des experts anglophones. Dans le cas d'une évaluation en anglais, l'avis du directeur est toujours sollicité et suivi par l'AERES. Quant aux établissements, ils sont presque toujours évalués en français. L'évaluation peut être mixte, en anglais et français, par exemple dans le cas de l'INSERM. Dans tous les cas, nous essayons autant que possible de trouver des experts étrangers francophones.