Tout comme pour le dossier médical, le patient peut demander qu'une prescription ne figure pas dans son dossier pharmaceutique – pour peu qu'il connaisse l'existence de celui-ci et que le pharmacien l'informe de cette possibilité. Il n'y a pas de différence d'architecture, de ce point de vue, entre ces deux dossiers : c'est le patient qui décide de ce qui doit y figurer.