Comme l'a souligné la Cour des comptes, un certain nombre d'engagements pris n'ont pas été tenus. La mise en place de la carte Vitale sécurisée et celle des fichiers ont subi des retards, alors qu'elles semblaient être des priorités pour l'État.
En outre, la Cour des comptes relève un problème de pilotage entre la Caisse nationale d'assurance maladie et les caisses primaires, sans aucun progrès en la matière.