Des marges d'économie existent dans les dépenses de gestion. L'examen de l'organisation et de la gestion du système d'information de la branche maladie met en évidence un défaut de pilotage stratégique de la CNAM, dont la Cour évoque l'éparpillement de ses 2 000 informaticiens sur cinquante sites différents et surtout l'absence de personnel qualifié en la matière.
La Cour des comptes évoque enfin que la mise en oeuvre plus qu'effective de la lutte contre la fraude permettrait des économies réelles, qu'elle estime à 3 milliards d'euros par an.