La publication, il y a quelques mois, d'un tableau qui faisait apparaître les activités financières comme bénéficiant majoritairement du CIR avait suscité de l'émoi. En l'occurrence, il s'agit des holdings : pour les entreprises privées fiscalement intégrées, c'est la holding qui reçoit en totalité le CIR pour ses filiales en R&D, lesquelles remplissent les déclarations. Cela concerne notamment les domaines de la chimie, de la pharmacie, de l'automobile ou de l'aéronautique, qui sont de gros utilisateurs des aides publiques afin de soutenir leur recherche et développement.