Si l'on thématise le dispositif, on se heurte à un problème juridique : l'ensemble du crédit d'impôt recherche serait requalifié en aide d'État et nous rencontrerions des difficultés considérables avec l'encadrement communautaire des aides à la R&D. Ce n'est donc pas possible.
Une modulation selon la taille de l'entreprise poserait une difficulté analogue, mais que l'on pourrait contourner en fixant des plafonds assez bas – ce fut le cas au début des années 2000, où le plafond du CIR fut de 8, puis de 12, puis de 16 millions d'euros –, ce qui revient, a priori, à concentrer davantage le bénéfice sur les PME. Mais ce n'est pas ce qu'a souhaité le Gouvernement, qui a au contraire relevé considérablement le plafond il y a deux ans. En matière de véhicules électriques, par exemple, on ne peut opposer la PME qui apporte une innovation dans le domaine des batteries ou des moteurs, par exemple, au constructeur. Comme dans l'aéronautique, il faut considérer l'ensemble. La compétition est rude et la localisation de la R&D apparaît comme un élément structurant à moyen et long terme, avec un fort effet d'entraînement.
Nous ne souhaitons donc pas opposer grandes et petites entreprises, mais apporter des compléments. D'ailleurs, l'Agence nationale de la recherche (ANR) fixe des priorités thématiques sur des programmes de recherche, dont certains concernent également les entreprises. De même, le fonds démonstrateur de recherche de l'Agence de l'environnement et de la maîtrise de l'énergie (ADEME) correspond à un choix sectoriel et porte précisément sur la phase qui va du développement technologique à l'arrivée sur le marché.
Le sujet des biotechnologies est compliqué.