Le CIR contribue au financement d'une seule tranche. Ne vaudrait-il pas mieux envisager le processus de bout en bout et financer, à coût égal, tous les types de recherche. En effet, plus l'entreprise est petite, plus elle risque de rencontrer de difficultés pour mener à bien un projet souvent unique. Ne pourrait-on redistribuer la même masse financière en fonction de critères tels que le domaine d'activité ? Ce serait plus conforme aux attentes des PME qui, même en bénéficiant d'un avantage ciblé sur les premières phases, ne peuvent de toute façon pas financer la dernière phase, celle de la mise en production du produit et de la génération de valeur ajoutée, et sont contraintes d'arrêter leurs projets.