La concentration de la relation entre les PME et l'administration au niveau d'Oséo constitue un progrès. Si le taux du CIR ne varie pas en fonction du secteur ou de la taille de l'entreprise, c'est aussi pour que la Commission européenne ne requalifie pas le dispositif en aide d'État. Il est néanmoins possible de plafonner cette disposition fiscale horizontale en volume. Ainsi, l'ancien CIR était moins favorable aux grandes entreprises. Le but n'est pas d'opposer grandes et petites entreprises, mais il est légitime et souhaitable de soutenir davantage les PME.
Ainsi en résumé, le système français comprend un dispositif unique, le CIR, qui s'applique à toutes les entreprises, et des aides additionnelles dispensées par Oséo aux petites et moyennes entreprises. Ces dernières bénéficient donc d'un soutien à l'innovation plus important.
Par ailleurs, Oséo assure la promotion du CIR auprès des PME et les aide dans leurs démarches pour obtenir le rescrit fiscal, c'est-à-dire l'assurance donnée par le fisc qu'il ne remettra pas en cause l'éligibilité des dépenses de recherche et de développement que l'entreprise lui aura déclarées au préalable.
Ce qui reste quelque peu compliqué, ce sont les différences d'interprétation, voire les contradictions, entre les documents existants – loi, instruction fiscale, guide du ministère de la Recherche. Il reste des zones de flou que nous nous employons à clarifier, notamment pour dissiper les incertitudes des PME quant aux dépenses éligibles, dont le périmètre est sans doute un peu plus restreint que celui du manuel de Frascati. L'objectif est d'épargner aux entreprises le recours à des conseils privés ou la multiplication des demandes de rescrit, dans la mesure où cette procédure prend un certain temps.
Certains voudraient que l'on passe au « tout Frascati » – c'est notamment la demande du MEDEF dans son rapport –, que l'on étende le dispositif aux dépenses d'innovation ou que l'on adopte une solution intermédiaire qui irait jusqu'au prototype.