La réforme, entrée en vigueur en 2008, a été décidée à la fin de l'été 2007 après plusieurs constats.
Premier constat : depuis une dizaine d'années, l'effort global de R&D dans notre pays stagne autour de 2,2 % du PIB sans se rapprocher de l'objectif de 3 % fixé par la stratégie de Lisbonne, et déjà atteint par les pays technologiquement les plus avancés. L'analyse de la R&D française met en évidence un déséquilibre entre la recherche publique, qui avec près de 1 % du PIB, frôle son objectif et se situe au premier rang dans les comparaisons internationales, et la recherche privée, qui est loin du sien et des concurrents japonais, américains, allemands ou nordiques. Or la recherche privée est un élément de compétitivité et un facteur de croissance puisqu'elle permet à nos entreprises de se positionner sur les créneaux à forte valeur ajoutée. Il est donc impératif d'accroître la part du privé dans la dépense nationale de R&D.
Deuxième constat : la faiblesse des liens entre laboratoires publics et entreprises privées avec, parallèlement, une coopération trop timide entre les entreprises.
Troisième constat : le renouvellement de notre tissu industriel par des jeunes entreprises innovantes est insuffisant, en particulier dans les nouveaux secteurs.
Le Gouvernement a arrêté une série de mesures appropriées consistant à supprimer l'Agence d'innovation industrielle, qui finançait à hauteur de 700 millions d'euros par an des projets conduits par de grandes entreprises ou des entreprises de taille intermédiaire. Les interventions directes – subventions directes et avances remboursables – ont été recentrées autour d'Oséo, dont les moyens classiques destinés aux PME et aux entreprises de taille intermédiaire (ETI) ont été renforcés. Dans le même temps, l'accent a été mis sur des dispositifs automatiques clairs pour envoyer aux investisseurs un signal fort de notre volonté de soutenir l'innovation. Le crédit d'impôt recherche est devenu pratiquement le plus attractif de l'OCDE. Il s'adresse aussi bien aux PME qu'aux investissements internationaux mobiles, français ou étrangers. Plutôt qu'une fiscalité globale attractive, nous avons privilégié les mesures ponctuelles ciblées sur les activités de recherche qui dégagent une forte valeur ajoutée et servent d'ancrage à d'autres – siège social ou production.
Y a-t-il eu effet d'aubaine ? Le crédit d'impôt recherche coûtait en 2007 1,6 milliard d'euros par an, contre 3,5 ou 4 milliards aujourd'hui. Nous avons consenti un effort important en faveur des entreprises innovantes, qui s'inscrivait dans le prolongement de la loi TEPA dont le but était de réduire les prélèvements obligatoires. Pour le rendre plus lisible par les responsables de PME, le CIR a été simplifié en unifiant le taux – 30 % – et en le calculant sur le volume des dépenses de recherche et non plus sur leur accroissement. Les délais de rescrit ont été raccourcis. Cette plus grande simplicité a sans doute créé, au moins en partie, un « effet d'aubaine » que le Gouvernement avait bien anticipé puisqu'il avait délibérément préféré une baisse de l'imposition des entreprises les plus innovantes à une diminution générale du taux d'IS. Une telle option était cohérente avec la volonté du Gouvernement d'attirer les entreprises bien positionnées dans la course internationale.
Le retard dans la coopération entre recherche publique et recherche privée justifie le maintien d'un taux double pour certaines activités, afin d'encourager le décloisonnement des projets et des personnels. Il s'agit d'inciter les entreprises à embaucher nos jeunes docteurs, qui ne sont pas proportionnellement aussi nombreux que leurs homologues étrangers à rejoindre le privé. Pourtant, cela présente un intérêt à la fois pour les uns, car tous ne trouvent pas de débouchés dans le public, et pour les autres, qui peuvent s'appuyer sur une élite scientifique.