S'agissant de la répartition des moyens, il est regrettable que la situation des établissements n'ait jamais été remise à plat en tenant compte à la fois des emplois, de la dotation globale de fonctionnement - DGF - et des aspects contractuels.
Nombre des inégalités de répartition proviennent du fait que le système d'allocation de moyens, pour sa partie DGF, ne tient pas compte de la contrainte budgétaire de l'Etat, introduite en bout de processus, et non dès le démarrage. La différence entre les dotations théoriques et les dotations réelles est souvent très importante et les effets de cliquet empêchent que les établissements les mieux dotés reviennent sur leur dotation.
Il s'avère de surcroît que les établissements les mieux dotés en emplois sont souvent les mieux dotés en DGF, ou par rapport à la dotation contractuelle. Les différents éléments ne se rééquilibrent pas entre eux.
Enfin, le système n'est pas transparent. Les établissements ne peuvent pas comparer leurs financements, car les données ne sont pas disponibles. Le ministère lui-même n'a sans doute pas toujours une analyse complètement globalisée des moyens.