Notre rapport s'est construit en deux temps. Nous avons tout d'abord étudié les forces et les faiblesses de trois universités qui devenaient autonomes, pour en tirer une grille d'analyse et un cahier des charges de l'audit que nos collègues de l'IGAENR appliquent désormais à toutes les universités qui demandent le passage à l'autonomie.
Nous avons ensuite considéré dans un deuxième rapport - non public - que la loi sur l'autonomie, qui a profondément transformé les universités, devait aussi se traduire par un changement radical de la tutelle des universités par le ministère.
Par ailleurs, la contractualisation fut un très grand progrès, même si certaines critiques sont possibles.
Les anciens contrats sont trop compliqués et redondants. Juxtaposant différentes thématiques, qui vont des bibliothèques à la recherche, en passant par la formation, ils manquaient souvent d'une vision stratégique. Les projets, analysés a priori, n'étaient jamais évalués a posteriori en termes de performances. Enfin, les indicateurs et les objectifs étaient beaucoup trop nombreux.
Nous proposons de maintenir une procédure contractuelle, en la simplifiant et en lui conférant un véritable caractère stratégique, avec un nombre limité d'indicateurs.