La mission a été créée en 1987, avec pour objectif de faciliter la cession des biens devenus inutiles du ministère de la Défense. Elle est rattachée à la direction de la Mémoire, du patrimoine et des archives, la DMPA, et travaille également en collaboration avec France Domaine.
La MRAI a, quasiment depuis son origine, une particularité parmi les acteurs des ventes de l'État puisqu'un décret en Conseil d'État, prorogé à plusieurs reprises - dernièrement jusqu'en 2014 –, l'autorise à effectuer des cessions à l'amiable aux collectivités locales. Elle emploie treize personnes, dont six négociateurs qui se répartissent le travail de terrain par zone géographique – lesquelles ne correspondent pas aux zones administratives ou de défense. Chacun suit quelques dizaines de dossiers.
L'action de la MRAI pour une année est reflétée par les signatures d'engagement d'acquérir, c'est-à-dire une sorte de promesse d'achat des acquéreurs, qui sont pour la plupart publics. Ces actes sont évidemment différents des recettes effectives de cession, qui ne sont perçues qu'à la signature de l'acte de vente et peuvent même être étalées dans le temps, lorsqu'un paiement en plusieurs fois a été négocié. Depuis ses débuts, le montant des signatures d'engagement d'acquérir est de l'ordre de 80 à 100 millions par an, pour quelque 70 à 80 cessions annuelles. Nos prévisions pour 2009 étaient d'environ 85 millions. Le total signé atteint 106 millions, dont 60 pour le fort d'Issy-les-Moulineaux.