La vague B de la contractualisation a été en quelque sorte l'occasion d'un rodage de l'agence. Avant toute intervention de quelque organisme que ce soit, c'est elle qui procède à l'évaluation des établissements sur les volets « gouvernance », « recherche » et « formation ». La DGES, quant à elle, n'intervient qu'à l'issue des rapports de l'AERES et après que les universités ont été mises en situation de répondre aux observations qui leur ont été faites. Des cotations sont alors instaurées pour les formations ou la recherche et c'est sur cette base que la discussion est engagée avec les établissements, en concertation étroite avec la direction générale de la recherche et de l'innovation (DGRI) afin de pouvoir apprécier la stratégie scientifique d'un établissement à l'aune des priorités définies par l'État et de veiller à la mise en place de partenariats entre universités et organismes de recherche. La DGES négocie donc à la fois directement avec les établissements et occupe en quelque sorte la place d'« ensemblier » du dispositif.
Premier exemple : l'AERES a émis des avis réservés sur un certain nombre de licences. Il importe avant tout d'en comprendre les raisons : telle ou telle université ne disposerait-elle pas de la compétence idoine pour assurer telle ou telle formation ou une rationalisation de l'offre de formation s'impose-t-elle ? La DGES évoque toujours avec les universités les points essentiels du rapport de l'agence, de même qu'elle demande les mesures que ces dernières comptent prendre afin de répondre à ces observations. C'est alors qu'elle décide si telle ou telle formation peut être habilitée ou si un regroupement rationalisé est nécessaire.
Deuxième exemple : les universités de Nantes, d'Angers et du Mans disposaient chacune d'une école doctorale de grande qualité mais, sur la base d'une évaluation positive cette fois, une discussion a été engagée qui a abouti à une réorganisation de ces écoles et à la création d'un pôle de recherche et d'enseignement supérieur (PRES).
Dernier exemple : l'AERES a formulé des observations sur des dénominations fort peu claires au sein du cursus Licence Master Doctorat (LMD) et la DGES a demandé une clarification à l'université en question.
Avec la vague C, l'AERES est désormais en pleine responsabilité. Pour sa part, la DGES doit veiller en particulier à faire en sorte que le contrat soit signé au début de la période qu'il vise. Nous avons en outre prévu que l'agence et la DGES puissent dresser un bilan de la situation lors de la phase de finalisation des contrats mais il est vrai que cela risque d'être difficile.