La direction générale des Finances publiques, la DGFIP, a repris les compétences de l'ancienne direction générale des impôts, ce qui l'amène à intervenir sur le crédit d'impôt recherche à trois niveaux. Elle intervient très en amont en cas de demande de rescrit, elle procède aux remboursements anticipés de créances de crédit d'impôt recherche (pour lesquels un formulaire en ligne était disponible dès le 2 janvier 2009), et en aval elle effectue, le cas échéant, des contrôles.