En fait, il faut tenir compte de tout : non seulement des publications, mais aussi de la valorisation, des brevets, des licences, du nombre d'emplois créés, de la notoriété, des prix remportés. Il faut prendre en compte ceux qui ont participé à des conférences internationales et ceux qui ont réussi à obtenir de l'argent ailleurs, de l'ANR (Agence nationale de la recherche) ou des agences européennes.
C'est à peine plus complexe pour les sciences humaines que pour les « sciences dures ». En sciences humaines, il faut davantage tenir compte des publications en langue française, des ouvrages de recherche, ou même utiliser d'autres critères comme, en archéologie, le fait de mener des fouilles. Mais il est tout à fait possible d'apprécier l'activité des uns et des autres.
L'agence est prête à se pencher sur les critères de performance, dans la mesure où on lui donne pour mission claire de travailler avec ceux qui vont allouer les moyens aux universités. C'est très important, quelle que soit l'instance.
L'évaluation des universités doit se faire a posteriori et non a priori, dans la mesure où il faut leur laisser la possibilité d'agir elles-mêmes. En revanche, en cas de problème, il faut pouvoir mettre un terme à ce qui ne va pas.