Le ministère de la Recherche est de plus en plus présent lors des phases de contrôle. L'expert mandaté par ce ministère va appliquer strictement les textes relatifs au crédit d'impôt recherche sans rentrer dans l'analyse économique de la R&D. Or, pour reprendre cet exemple, les prototypes de validation de conception sont bien subordonnés à un travail de R&D et sont d'ailleurs appréciés, dans la comptabilité analytique de l'entreprise, comme un travail de R&D.