L'entreprise est libre d'utiliser la créance de CIR comme elle le souhaite ; celle-ci vise à compenser a posteriori les dépenses de recherche, mais l'entreprise n'est pas tenue de l'affecter à de la recherche. Elle peut donc l'utiliser pour faire de l'innovation, voire pour financer des activités plus en aval encore.
Selon des études du ministère de la recherche sur le CIR, ces crédits ont bien été affectés à la recherche. En revanche, on n'a pas encore, à ma connaissance, établi la part respective de la recherche fondamentale, de la recherche industrielle et du développement expérimental dans l'utilisation de la créance.