S'agissant des missions de l'Agence autres que la scolarisation des enfants français, on ne peut pas parler de coopération avec les systèmes éducatifs. Au Maroc, par exemple, il existe bien quelques partenariats entre établissements de l'AEFE et des établissements du pays, mais ce n'est pas de la coopération à un niveau élevé.
Le sujet a été repris à l'occasion de la préparation par le ministre Kouchner du projet de loi relatif à l'action extérieure de l'État, où la défunte direction générale de la Coopération internationale et du développement tentait de retrouver un champ d'action. L'idée était que l'AEFE pourrait engager une véritable coopération éducative avec le système local en s'appuyant sur des personnels affectés par ailleurs à des tâches d'enseignement, non pas qu'une telle action n'ait pas lieu, mais parce qu'elle dépend de la bonne volonté des chefs d'établissement.