Les excédents ont pu être redéployés et soutenir la modernisation et les investissements des établissements et cela a permis de faire émerger un besoin, mais la question se pose désormais de savoir comment cette aide pourra être pérennisée, au regard notamment de ses effets sur le niveau d'équipement des territoires mais aussi sur le reste à charge des familles.
Il convient également de souligner la complexité du montage des dossiers et les délais très longs de réalisation des projets. À cet égard, des difficultés particulières se posent lorsque les établissements sont construits par des bailleurs sociaux, qui bénéficient de financements à un moment donné et peuvent se trouver en complet décalage avec les autorisations données dans le cadre de la procédure faisant intervenir les comités régionaux d'organisation sociale et médico-sociale et les programmes interdépartementaux d'accompagnement des handicaps et de la perte d'autonomie. Cela ne permet pas toujours de faire aboutir les projets. La loi du 21 juillet 2009 portant réforme de l'hôpital et relative aux patients, à la santé et aux territoires vise à simplifier le dispositif en prévoyant une procédure d'appel à projets mais, dans certains cas, les bailleurs sociaux risquent d'être tout de même confrontés à des difficultés, car la construction d'établissements pourrait avoir déjà commencé avant l'appel à projets. Il serait aussi souhaitable de simplifier la gouvernance de l'ensemble du dispositif de prise en charge des personnes âgées et des personnes handicapées, dans le cadre notamment de la mise en place des agences régionales de santé.