Une bonne gouvernance contribue grandement au succès du pôle. Elle doit réunir une bonne équipe – entre deux et dix permanents – et un bon bureau, c'est-à-dire les acteurs économiques, qui participent eux-mêmes au financement avec l'État et les collectivités locales.
Les structures de gouvernance ont été d'inégale qualité – on a pu déplorer ici ou là des gaspillages, un salaire excessif, voire deux changements de directeur général en trois ans – mais, globalement, on peut rejoindre les évaluations largement positives du Boston Consulting Group.
À l'issue de l'évaluation de l'été dernier, le Gouvernement a arrêté deux orientations : une décroissance de l'engagement de l'État et une augmentation de la part privée.