Le CEPS ne prend pas en compte les études médico-économiques, mais il s'intéresse à l'impact budgétaire. Selon la formule du président du Comité : « Si au prix que vous demandez, le produit est efficace, il le sera encore plus au prix que je vous donne. »
Néanmoins, si l'article 29 du projet de loi de financement de la sécurité sociale pour 2008 est voté, se posera alors la question du lien entre le travail de la HAS et celui du CEPS, car, théoriquement, c'est ce dernier qui a en charge les aspects médico-économiques du médicament.