Les PME se plaignent beaucoup de la lourdeur du financement des projets – certaines prétendent même qu'il est presque plus facile d'obtenir un financement européen. Elles posent aussi de façon récurrente la question du guichet unique, qui est essentielle pour elles. Elles s'interrogent enfin sur le type de projets soutenus : participer à des gros projets, avec un grand nombre d'acteurs, est une contrainte importante pour des PME.
Le Comité Richelieu souhaite qu'il y ait plus de concurrence entre les entreprises candidates à l'aide, mais que celles qui sont choisies soient soutenues plus fortement. Ainsi, la Commission européenne a augmenté son taux d'aide mais la France a diminué le sien. Il pourrait être augmenté pour les PME. L'aide a aussi tendance à être limitée au montant actuel des fonds propres de l'entreprise. C'est un élément du « plafond de verre » qui bloque la croissance des PME, puisqu'il pousse à déterminer le montant de l'aide non pas en fonction du potentiel de l'entreprise mais de ce qu'elle pèse aujourd'hui. Par ailleurs, les avances remboursables sont fréquemment préférées aux subventions. Or, si elles permettent d'aider plus d'entreprises au total, elles ne sont certainement pas étrangères au fait que les PME françaises aient tant de mal à grandir. Le problème est que l'aide couvre le début de la mise au point du produit – la recherche et développement– mais qu'il reste ensuite des phases d'industrialisation, voire de commercialisation, qui coûtent de l'argent à l'entreprise. Le fait qu'il s'agisse d'avances remboursables handicape la capacité de l'entreprise à lever les financements privés nécessaires pour ces phases finales. En pratique, les entreprises se retrouvent exsangues alors qu'elles auraient besoin d'investir encore.