Les musées disent que les relations sont parfois difficiles. La Cour des comptes indique qu'il existe des tensions entre le Louvre et la RMN et recommande d'assigner des limites à chacun des acteurs. Quel est le bon équilibre à trouver dans l'intérêt de la politique muséale nationale ? Elle a constaté des tensions récurrentes entre la RMN et le Louvre à propos du logo, de l'édition et de la production des expositions. Là-dessus, les parties se sont entendues, mais subsiste le conflit à propos des droits sur les photos et de l'agence photographique.
Il semble manquer encore au Louvre une comptabilité analytique en coût complet de certaines activités désormais développées en propre, alors qu'elle existe à la RMN.