Non seulement la médecine scolaire manque malheureusement de moyens mais le binôme médecins - infirmières soulève parfois quelques problèmes hiérarchiques. En outre, les situations varient beaucoup en fonction des endroits. Il convient, enfin, de s'interroger sur l'articulation entre la médecine scolaire et la médecine ambulatoire.
L'INPES n'est pas quant à lui à l'abri du lobbying.