Pour les antibiotiques un accord-cadre est décliné en accords locaux. Le contrat de bon usage du médicament était également prévu dans le cadre de la réforme du financement. Les contrats pluriannuels d'objectifs et de moyens entre chaque établissement de santé et l'Agence régionale de l'hospitalisation (ARH) ont été généralisés. Ils sont pilotés par la DHOS, en liaison étroite avec l'UNCAM, et ils prévoient des objectifs et des revues annuelles systématiques. Il s'agit incontestablement d'un moyen de pilotage important.
Beaucoup d'ARH ont signé avant le 31 mars 2007 des contrats centrés sur les volumes d'activité et les grandes orientations stratégiques. Les directeurs ont jusqu'au 30 juin 2008 pour compléter le dispositif.