Outre le décalage observé entre le discours national et les avis sur le terrain, il en existe un autre entre les outils de gestion et de management, à ces deux niveaux : au niveau national, ont été mis en place des outils d'information très performants, dont la T2A, tandis que, dans les établissements, il n'y a pas encore de comptabilité analytique digne de ce nom, si bien que l'on trouve encore souvent des sous-facturations, ce qui empêche de comparer les coûts réels des établissements à la tarification qu'on leur demande d'appliquer. Qu'est-ce qu'un système d'information s'appuyant sur des données partielles ?