Le financement des missions d'intérêt général et d'aide à la contractualisation obéit à une logique « historique » : il s'agit de rendre aux établissements ce qu'ils percevaient avant l'institution de la T2A, mais ce faisant, on ne prend pas en compte la réalité des charges et des besoins. En résultent ou bien des situations de rente, ou bien une insuffisance de financement, particulièrement inquiétante pour ce qui est de la recherche et de la permanence des soins. C'est pourquoi la mission préconisait une rationalisation dans la répartition des missions d'intérêt général et d'aide à la contractualisation.