Les CHU n'ont pas été exclusivement conçus pour exercer une activité de recours : ce sont également des établissements de santé de proximité. Certains pays ont fait le choix d'une gradation complète des activités, faisant appel à des entités juridiques différentes, mais ce n'est pas la voie que nous avons empruntée. Les CHU exercent, en effet, trois missions : les soins, l'enseignement et la recherche.
Ces deux dernières activités sont, pour l'essentiel, financées par les dotations au titre des missions d'enseignement, de recherche, de référence et innovation (MERRI), pour un montant de deux milliards d'euros. Selon une étude réalisée par l'Agence technique de l'information sur l'hospitalisation, les activités de recours relevant spécifiquement des CHU représentent environ 15 % de leur activité. Le chiffre est d'ailleurs plus faible si l'on considère seulement le nombre des séjours, peu nombreux, mais très hautement valorisés, car exigeant un environnement médico-technique très sophistiqué, et donc coûteux.
Il faut accepter cette situation et en tirer toutes les conséquences : pour une fraction importante de leur activité, les CHU doivent répondre aux mêmes impératifs d'efficience que les autres hôpitaux, leurs missions d'enseignement étant compensées par le mécanisme des dotations MERRI. Pour les activités de recours, nous devons veiller à bien prendre en compte le surcoût de l'environnement dans certains cas, notamment les greffes et certains traitements très spécifiques, tels que les curiethérapies. Le principe de gradation des soins implique d'offrir aux patients ce que l'on peut faire de mieux dans un nombre limité d'établissements en s'efforçant d'amortir raisonnablement les surcoûts.