Les disparités entre hôpitaux résultent de problèmes d'organisation et de fonctionnement qui plongent leurs racines dans l'histoire des établissements. Leur analyse, délicate dans le passé, est aujourd'hui possible grâce par exemple aux travaux de la Mission nationale d'expertise et d'audit hospitalier. C'est ainsi que des comparaisons en termes de productivité ont fait apparaître, à l'intérieur d'un même hôpital, là où existe bien entendu une comptabilité analytique, la coexistence de services les uns en équilibre, les autres en déficit. Chaque service se vivant comme une petite entreprise, le directeur n'arrive pas à répartir correctement les moyens, ici excédentaires, là insuffisants. Le problème est avant tout organisationnel. Peut-être les futures agences régionales de santé auront-elles plus de pouvoir en ce domaine ? En tout état de cause, la mission nationale d'expertise donne de bonnes recettes qu'il appartient aux hôpitaux d'adopter pour se réformer.