On pouvait pourtant lire dès 2005, dans un rapport de l'IGAS, que le premier effet de la T2A avait été « d'engendrer une dérive non maîtrisée des dépenses de santé ». Quant à la Cour des comptes, dans son dernier rapport sur la sécurité sociale, en septembre 2006, elle remarque que « la T2A comporte intrinsèquement un risque inflationniste important, car elle fait disparaître la régulation budgétaire qui s'appliquait aux établissements sous dotation globale ».