L'APE a été créée en mars 2003 à la suite de la crise de France Télécom. L'objectif de cette création était – on goûtera le paradoxe – de savoir ce qui se passe dans les entreprises publiques et les entreprises privées dans lesquelles l'État a une participation. La seule mission de l'Agence est d'être actionnaire. Il est important qu'elle n'ait aucune autre responsabilité, car c'est le mélange des genres qui a posé des problèmes par le passé.
Ses méthodes de travail reposent sur une charte des relations entre l'État actionnaire et les entreprises publiques, que l'on peut consulter sur son site Internet et qui pose des principes d'une grande banalité dans le monde des entreprises : avertir son actionnaire avant de réaliser un investissement, soumettre les dossiers à un comité d'analyse stratégique puis à un conseil d'administration, bref, tous les principes de base de la bonne gouvernance.
L'APE siège dans tous les conseils d'administration et tous les comités d'audit – cela a représenté cinq cents séances en 2006 –, tous les comités d'analyse stratégique et presque tous les comités de rémunération, à une exception près : EADS. La situation d'EADS est l'antithèse de ce pour quoi l'APE a été créée et nous n'avons eu de cesse de le souligner. Le pacte d'actionnaires mis en place organise la mise à l'écart de l'État en ce qui concerne non seulement la gestion, mais aussi – plus grave – le contrôle de l'entreprise.