D'une part, ce texte élargit aux lieux la notion de « secret de la défense nationale », jusqu'ici limitée aux documents ; d'autre part, il prévoit que le secret de la défense nationale est protégé dans le cadre d'une perquisition, de la même manière que le secret médical, le secret journalistique et le secret professionnel des avocats.
La commission des lois a cherché à renforcer le pouvoir de la CCSDN mais aussi à rapprocher la procédure de perquisition de celle d'une procédure de perquisition dans le cabinet d'un avocat.
À quel moment le président de la CCSDN doit-il être informé de l'objet de la perquisition ? Le projet de loi prévoit que le magistrat lui adresse préalablement à la perquisition une décision écrite et motivée. La commission des lois a estimé que cette distinction d'avec la procédure applicable à la perquisition dans le cabinet d'un avocat n'était pas justifiée. En outre, la transmission préalable pourrait donner à l'autorité indépendante qu'est la CCSDN un pouvoir d'appréciation sur l'opportunité de la perquisition, ce qui serait contraire au principe constitutionnel de séparation des pouvoirs.
L'amendement CD 64 prévoit donc que le contenu de la décision est porté à la connaissance du président de la CCSDN au début de la perquisition. Il n'est pas question d'introduire une quelconque suspicion mais de mettre une cohérence dans les procédures de perquisition lorsqu'elles concernent la défense d'un intérêt spécifiquement protégé.