Il est indispensable de préciser dans les textes que, pour les PME, les avances remboursables doivent être déduites de l'assiette des dépenses éligibles au CIR non pas l'année de leur versement, mais l'année où, une fois le projet de recherche terminé et en cas d'échec de celui-ci, leur caractère de subvention est avéré. Cette disposition permettrait de protéger la trésorerie des PME innovantes.
Pour répondre à l'objection de la Cour des comptes concernant le paiement indu d'un crédit d'impôt à certaines entreprises, l'amendement prévoit également un mécanisme de suivi qui permettrait à l'administration fiscale d'apprécier, le moment venu, le remboursement ou le non-remboursement des avances.