La circulaire du Premier ministre du 7 juillet 2008 prévoit que « sauf exception, les préfets seront les délégués des agences nationales lorsque celles-ci exercent des attributions territoriales ». De plus, le préfet de région joue un rôle majeur dans la répartition des enveloppes infrarégionales. L'amendement n° 106 vise à préciser ce rôle.