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Le crédit d'impôt recherche étant assis non plus sur l'accroissement des dépenses de recherche, mais sur leur montant, les petites entreprises, les start-up notamment, se trouvent désavantagées en raison de la faiblesse de leurs montants.
En revanche, cette disposition crée un effet d'aubaine pour les très grandes entreprises pour lesquelles le crédit d'impôt recherche a un effet incitatif limité et n'incite pas les petites entreprises à accroître leur effort de recherche et d'innovation.
Toutefois, les petites entreprises, en raison de leurs capacités financières limitées, sont rapidement confrontées à une stagnation de leurs dépenses de recherche. Il convient donc de créer un dispositif permettant aux PME de trouver un financement de leurs dépenses de recherche au-delà de la fraction qu'elles peuvent elles-mêmes assurer. Il peut être proposé d'inciter les grandes entreprises souhaitant bénéficier du crédit d'impôt recherche à associer des PME ou des organismes de recherche dès que la dépense excède 50 millions d'euros.