L'article 36 prévoit une possibilité d'expertise contradictoire pour déclarer le bénéfice du statut fiscal de jeune entreprise innovante. Cette qualification ouvre droit à une exonération limitée à 200 000 euros sur trois exercices fiscaux glissants. Cela résulte du rattachement de la mesure au règlement 19982006 relatif aux aides de minimis.
Or, l'encadrement recherche développement innovation du 31 décembre 2006 a créé la jeune entreprise innovante et autorise une aide de 1 million d'euros, avec majoration pour les zones 87 3 a), soit une aide portée à 1,5 million d'euros pour les DOM-TOM, et pour les zones 87 3 c), soit une aide portée à 1,25 million d'euros pour les zones AEFR industrie.
Cette aide n'est pas soumise à cumul, contrairement aux aides de minimis, dont la perception empêche l'attribution d'autres aides publiques. Il peut être proposé de modifier ce rattachement, mais cela nécessite la notification à la Commission européenne d'un régime spécifique d'exonération fiscale. L'amendement n° 1105 vise à inscrire dans la loi ce rattachement, sa mise en oeuvre devant être postérieure à l'approbation du régime notifié correspondant.