Le Médiateur de la République dispose d'un régime financier propre relevant de la loi du 3 janvier 1973 et du décret du 9 mars 1973 relatif à la gestion des crédits mis à sa disposition. Conformément à l'article 1er de ce décret, le Médiateur bénéficie d'un compte de dépôt de fonds au Trésor ouvert à la recette générale des finances. Il règle ses dépenses directement sur ce compte et rend compte directement à la Cour des comptes de l'utilisation des crédits. Cette organisation lui confère à la fois les attributions d'ordonnateur et celles de comptable.
Dans le but de mettre fin à cette situation, qui déroge aux règles de la comptabilité publique, il est proposé de doter le Médiateur de la République, conformément à sa propre demande, des compétences d'ordonnateur principal de l'État. Il disposerait alors de comptables publics assignataires chargés d'exécuter les ordres de paiement et de recette à partir du 1er janvier 2008. Le Médiateur resterait dispensé du contrôle financier.